В Красноярском краевом центре "Юннаты" (далее Центр) действуют органы самоуправления, выполняющие функции организации и обеспечения различных сторон жизнедеятельности Центра, образовательного процесса:
- общее собрание коллектива Центра, принимающее коллективный договор, решающее совместно с администрацией Центра вопросы улучшения условий труда работников;
- педагогический совет, рассматривающий вопросы организации образовательного процесса в Центре, повышения квалификации педагогических работников, определяющий основные направления опытно-экспериментальной работы;
- методический совет, организующий методическую работу, анализирующий результаты образовательного процесса.